MTAppjQueryのuser.cssにコメントを書くことがあると思います。
Moavble Typeから書き出されるファイルの文字コードはUTF-8になります。MTAppjQueryのuser.cssもUTF-8で書き出されます。
もし、MTAppjQueryのuser.cssに日本語でコメントを入れて、デフォルト文字コードがShift-JISなどのブラウザでuser.cssにアクセスすると下図のように文字化けしてしまいます。
コメントが文字化けしていてもカスタマイズ自体には問題ないです。それにuser.cssを編集する時はMTの管理画面で行うので、コメントが文字化けして読めないということもないと思います。
とは言え、気持ち悪いのでuser.cssに文字コードの指定をしてあげます。
文字コードの指定には下記の1行をuser.cssの「先頭」に追加するだけです。
@charset "<$mt:PublishCharset$>";
これでデフォルトの文字コードがUTF-8以外のブラウザから直接アクセスしても文字化けしなくなります。