全てのトラックバックがなくなっているようです。おまけに再構築出来なくなってしまっていたので、テンプレートもデフォルトの戻しました。
でも、これでも、不具合が...。ログイン後、メインメニューのブログ一覧から、ブログタイトルをクリックすると”Can't call method "entry_id" without a package or object reference at lib/MT/App/CMS.pm line 1243.”というエラーが出ます。CMS.pmを再度、上書きしてみたりしたのですが、解決しません。ただし、エントリーの投稿というところをクリックすると、新規エントリー投稿画面になるのでエントリーは書く事が出来ます。
教訓：やっぱりバックアップは大切だね。